augur

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Pipeline components for real-time phylodynamic analysis

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최종 버전 다운로드 (.zip)

- - ci.yaml
  - docs.yaml
  - release.yaml
  - sync-redirects.yaml
- dependabot.yml
- pull_request_template.md
- - __init__.py
  - abbreviate_authors.py
  - apply_geolocation_rules.py
  - apply_record_annotations.py
  - format_dates.py
  - format_dates_directives.py
  - normalize_strings.py
  - parse_genbank_location.py
  - passthru.py
  - rename.py
  - titlecase.py
  - transform_strain_name.py
- - __init__.py
  - colors.tsv
  - geolocation_rules.tsv
  - lat_longs.tsv
  - schema-annotations.json
  - schema-auspice-config-v2.json
  - schema-export-root-sequence.json
  - schema-export-v1-meta.json
  - schema-export-v1-tree.json
  - schema-export-v2.json
  - schema-frequencies.json
  - schema-measurements-collection-config.json
  - schema-measurements.json
  - schema-subsample-config-unaligned.json
  - schema-subsample-config.json
  - schema-tip-frequencies.json
- - __init__.py
  - ambiguous_date.py
  - errors.py
- - __init__.py
  - _run.py
  - arguments.py
  - constants.py
  - include_exclude_rules.py
  - io.py
  - subsample.py
  - validate_arguments.py
  - weights_file.py
- - __init__.py
  - beast.py
- - __init__.py
  - file.py
  - json.py
  - metadata.py
  - print.py
  - sequences.py
  - shell_command_runner.py
  - strains.py
- - __init__.py
  - concat.py
  - export.py
- - __init__.py
  - sphinx.py
- - __init__.py
  - auspice_config.py
  - color_parser.py
  - color_parser_line.py
  - node_data.py
  - node_data_file.py
  - node_data_reader.py
  - warnings.py
- __init__.py
- __main__.py
- __version__.py
- align.py
- ancestral.py
- argparse_.py
- clades.py
- config.py
- debug.py
- distance.py
- errors.py
- export.py
- export_v1.py
- export_v2.py
- frequencies.py
- frequency_estimators.py
- index.py
- lbi.py
- mask.py
- merge.py
- parse.py
- proximity.py
- read_file.py
- reconstruct_sequences.py
- refine.py
- sequence_traits.py
- subsample.py
- titer_model.py
- titers.py
- traits.py
- translate.py
- tree.py
- types.py
- utils.py
- validate.py
- validate_export.py
- version.py
- write_file.py
- augur
- benchmark-filter
- changes
- create-github-release
- regenerate-developer-api-docs
- regenerate-subsample-schema
- release
- test
- - augur_subsample_helpers.py
- - .gitkeep
- - authors.rst
- - DEV_DOCS.md
- - examples.rst
- - clades.md
  - colors.md
  - faq.rst
  - fasta_input.md
  - import-beast.md
  - lat_longs.md
  - metadata.rst
  - refine.rst
  - seq_traits.md
  - skip_augur_tree.rst
  - translate_ref.md
  - vcf_input.md
  - what-is-a-build.md
- - augur_analysis_sketch.png
  - zika_example.png
- - installation.rst
  - non-python-dependencies.rst
- - auspice-compatibility.md
  - changelog.md
  - DEPRECATED.md
  - migrating-v5-v6.rst
  - releases.rst
  - v6.rst
- - augur_snakemake.md
  - envvars.rst
  - json_format.md
  - usage.rst
- conf.py
- index.rst
- make.bat
- Makefile
- redirects.yaml
- example-modular-augur-workflows.dot
- example-modular-augur-workflows.pdf
- Makefile
- paper.bib
- paper.md
- README.md
- template.tex
- beast-to-auspice-jsons-proof-of-principle.py
- compare-json-vcf.py
- diff_jsons.py
- diff_trees.py
- identify_emerging_clades.py
- json_tree_to_nexus.py
- plot_msa.py
- plot_tree.py
- prepared_json_to_fasta.py
- README.md
- run-cram-parallel.py
- s3.py
- swap_colors.py
- traits_from_json.py
- tree_to_JSON.py
- verify_meta_json.py
- - aa-seq_h3n2_ha_2y_HA1.fasta
  - distance_map_weight_per_site.json
  - distance_map_weight_per_site_and_sequence.json
  - flu_seasonal_h3n2_ha_3y_tree.json
  - tb_lee_2015.vcf
  - tb_lee_2015.vcf.gz
  - zika.json
  - zika_outgroup.gb
- - test_ambiguous_date.py
  - test_dates.py
- - test_relative_dates.py
  - test_subsample.py
- - _setup.sh
  - distance.t
  - index.t
  - measurements_concat.t
  - measurements_export.t
  - parse.t
  - traits.t
- - test_curate_validate_records.py
  - test_file.py
  - test_metadata.py
  - test_sequences.py
  - test_shell_command_runner.py
  - test_strains.py
  - test_vcf.py
- - test_get_neighbours.py
  - test_hamming.py
  - test_proximity_utils.py
- - test_auspice_config.py
  - test_color_parser.py
  - test_node_data.py
  - test_node_data_file.py
  - test_node_data_reader.py
- test_align.py
- test_ancestral.py
- test_argparse_linting.py
- test_clades.py
- test_export_v2.py
- test_flake8.py
- test_frequencies.py
- test_geolocation_rules.py
- test_mask.py
- test_parse.py
- test_schemas.py
- test_titer_models.py
- test_traits.py
- test_translate.py
- test_utils.py
- test_validate.py
- test_validate_export.py
.coveragerc
.cramrc
.flake8
.gitattributes
.gitignore
.mailmap
.pylintrc
.python-version
.readthedocs.yml
CHANGES.md
CITATION.cff
codecov.yml
DEPRECATED.md
dev_env.yml
LICENSE.nextstrain-cli
LICENSE.nextstrain-ncov-ingest
LICENSE.sphinx
LICENSE.txt
MANIFEST.in
mypy.ini
pyrightconfig.json
pytest.ini
README.md
run_tests.sh
setup.py

# 설치 가이드

1. 코드 내려받기

git clone https://github.com/nextstrain/augur

깃허브에서 프로젝트 코드 전체를 내 컴퓨터로 내려받습니다.

cd augur

방금 내려받은 프로젝트 폴더 안으로 이동합니다.

2. Python

쉬움 추천

사전 준비물

Git GitHub에서 프로젝트 코드를 내려받으려면 필요합니다.
Python 3 설치 시 'Add Python to PATH' 옵션을 꼭 체크하세요 (Windows).

pip install .

PyPI에 배포된 패키지를 바로 설치합니다. 소스 클론이 필요 없습니다.

python <실행할 파일명>.py # README에서 정확한 실행 파일명을 확인하세요

파이썬 스크립트(또는 모듈)를 실행합니다.

✅ 에러 메시지 없이 실행되고 터미널에 안내 문구가 출력되면 정상입니다.

3. Make

보통

사전 준비물

Git GitHub에서 프로젝트 코드를 내려받으려면 필요합니다.
Make Linux/macOS는 보통 기본 설치되어 있습니다. Windows는 별도 설치(예: MSYS2, WSL)가 필요합니다.

cd paper

이 프로젝트의 관련 파일이 하위 폴더 안에 있어서, 먼저 그 폴더로 이동합니다.

make

생성된 빌드 설정을 바탕으로 실제 컴파일을 진행해 실행 파일을 만듭니다.

✅ 에러 없이 끝나면 성공입니다. 생성된 실행 파일을 직접 실행해보세요.

// repository documentation

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