alphabind
AlphaBind code + model accompanying pre-print
파일 탐색기
최종 버전 다운로드 (.zip)- .gitkeep
- .gitkeep
- .gitkeep
- DSM_enrichment_full_seqs.csv
- README.md
- .gitkeep
- README.md
- embed.env
- predict.env
- train.env
- README.md
- tutorial_1_finetuning_alphabind.ipynb
- merge.env
- optimize.env
- README.md
- tutorial_2_optimization_alphabind.ipynb
- README.md
- requirements.txt
- alphabind_pretrained_checkpoint.pt
- __init__.py
- build_features.py
- featurize_using_esm_2.py
- __init__.py
- dataset.py
- ensemble.py
- model.py
- predict_model.py
- train_model.py
- __init__.py
- generator.py
- merge_all_generations.py
- optimize_seeds.py
- optimizer.py
- scoring_wrapper.py
- selector.py
- __init__.py
- visualize.py
- __init__.py
- pyproject.toml
- README.md
- covid_variables.env
- pembro_variables.env
- tigit_variables.env
- trastuzumab_cdr_variables.env
- trastuzumab_full_variables.env
- aab-pp489_fine-tuning_alphaseq.csv
- pembrolizumab-scfv_fine-tuning_alphaseq.csv
- vhh72_fine-tuning_alphaseq.csv
- aab-pp489_validation_alphaseq.csv
- pembrolizumab-scfv_validation_alphaseq.csv
- trastuzumab-scfv-cdr_validation_alphaseq.csv
- trastuzumab-scfv-full_validation_alphaseq.csv
- vhh72_validation_alphaseq.csv
- README.md
- aab-pp489_anarci_H.csv
- pembrolizumab-scfv_anarci_H.csv
- trastuzumab-scfv-cdr_anarci_H.csv
- trastuzumab-scfv-full_anarci_H.csv
- vhh72_anarci_H.csv
- aab-pp3115_germlined_descendants_ps_metrics.csv
- aab-pp489_bli_results.csv
- pembrolizumab-scfv_bli_results.csv
- trastuzumab-scfv_bli_results.csv
- vhh72_bli_results.csv
- mHER_H3_1_1Ag.txt
- mHER_H3_1_2Ag488.txt
- mHER_H3_1_2Ag647.txt
- mHER_H3_1_Ab.txt
- mHER_H3_1_AgN.txt
- mHER_H3_2_1Ag.txt
- mHER_H3_2_2Ag488.txt
- mHER_H3_2_2Ag647.txt
- mHER_H3_2_Ab.txt
- mHER_H3_2_AgN.txt
- mHER_H3_3_1Ag.txt
- mHER_H3_3_2Ag488.txt
- mHER_H3_3_2Ag647.txt
- mHER_H3_3_Ab.txt
- mHER_H3_3_AgN.txt
- mHER_H3_AgNeg.csv
- mHER_H3_AgPos.csv
- mHER_L3_3_1Ag.txt
- mHER_L3_3_2Ag488.txt
- mHER_L3_3_2Ag647.txt
- mHER_L3_3_Ab.txt
- mHER_L3_3_AgN.txt
- Mason_Trastuzumab_DMS_to_YM_format.csv
- alphabind_analysis.yml
- dms_transformation.ipynb
- manuscript_analysis.ipynb
- alphabind_bli_results.png
- alphabind_bli_results_trastuzumab.png
- alphabind_violins_by_distance.png
- alphabind_violins_by_distance_trastuzumab.png
- humanized_pp3115_mut_bli_heatmap.png
- model_ablation_medians.png
- seq_entropy_aab-pp489.png
- seq_entropy_pembrolizumab-scfv.png
- seq_entropy_trastuzumab-scfv-cdr.png
- seq_entropy_trastuzumab-scfv-full.png
- seq_entropy_vhh72.png
- docker_start_p5s.sh
- run_production_optimization.sh
- README.md
- .dockerignore
- .gitignore
- .pre-commit-config.yaml
- Dockerfile
- LICENSE
- ngc_secrets.env.template
- pyproject.toml
- README.md
- requirements.txt
# 설치 가이드
1. 코드 내려받기
git clone https://github.com/A-Alpha-Bio/alphabind
깃허브에서 프로젝트 코드 전체를 내 컴퓨터로 내려받습니다.
cd alphabind
방금 내려받은 프로젝트 폴더 안으로 이동합니다.
2. Docker
쉬움 추천사전 준비물
- Git GitHub에서 프로젝트 코드를 내려받으려면 필요합니다.
- Docker Desktop 컨테이너를 빌드하고 실행하려면 필요합니다. 설치 후 실행해서 백그라운드에 켜두세요.
- [Install Docker](#install-docker)
이 명령어를 터미널에 그대로 입력해 실행하세요.
- [Build the AlphaBind Docker Image](#build-the-alphabind-docker-image)
이 명령어를 터미널에 그대로 입력해 실행하세요.
터미널에 docker compose ps 를 입력해 컨테이너들이 Up 상태인지 확인하세요. README에 포트 번호가 적혀있다면 브라우저에서 http://localhost:포트번호 로 접속해보세요.
이 레포의 README에 적힌 실제 명령어를 그대로 가져왔습니다.
// repository documentation
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