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tracy

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Basecalling, alignment, assembly and deconvolution of Sanger Chromatogram trace files

파일 탐색기

최종 버전 다운로드 (.zip)

- - c-cpp.yml
  - docker.yml
  - macosx.yml
  - npm-install.yml
  - release.yml
  - windows.yml
- - .gitignore
  - config.js
- - README.md
- - README.md
- - README.md
- - README.md
- .gitignore
- package-lock.json
- package.json
- README.md
- README.md
- tracy.def
- abif.h
- align.h
- assemble.h
- consensus.h
- decompose.h
- fasta.h
- fmindex.h
- gotoh.h
- htslib
- index.h
- indigo.h
- json.h
- msa.h
- needle.h
- profile.h
- sage.h
- scf.h
- teal.h
- tracy.cpp
- trim.h
- variants.h
- version.h
- web.h
- xxsds
.gitignore
.gitmodules
AUTHORS
CONTRIBUTING.md
Dockerfile
Dockerfile.staticbuild
LICENSE
Makefile
README.md

# 설치 가이드

1. 코드 내려받기

git clone https://github.com/gear-genomics/tracy

깃허브에서 프로젝트 코드 전체를 내 컴퓨터로 내려받습니다.

cd tracy

방금 내려받은 프로젝트 폴더 안으로 이동합니다.

2. Docker

쉬움 추천

사전 준비물

Git GitHub에서 프로젝트 코드를 내려받으려면 필요합니다.
Docker Desktop 컨테이너를 빌드하고 실행하려면 필요합니다. 설치 후 실행해서 백그라운드에 켜두세요.

docker build -t tracy .

Dockerfile을 기반으로 실행 가능한 이미지를 빌드합니다.

docker run -p 8080:80 tracy

빌드된 이미지를 실제 컨테이너로 실행합니다.

✅ 터미널에 docker compose ps 를 입력해 컨테이너들이 Up 상태인지 확인하세요. README에 포트 번호가 적혀있다면 브라우저에서 http://localhost:포트번호 로 접속해보세요.

3. Make

보통

사전 준비물

Git GitHub에서 프로젝트 코드를 내려받으려면 필요합니다.
Make Linux/macOS는 보통 기본 설치되어 있습니다. Windows는 별도 설치(예: MSYS2, WSL)가 필요합니다.

make

생성된 빌드 설정을 바탕으로 실제 컴파일을 진행해 실행 파일을 만듭니다.

✅ 에러 없이 끝나면 성공입니다. 생성된 실행 파일을 직접 실행해보세요.

// repository documentation

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[![install with bioconda](https://img.shields.io/badge/install%20with-bioconda-brightgreen.svg?style=flat-square)](http://bioconda.github.io/recipes/tracy/README.html)
[![Anaconda-Server Badge](https://anaconda.org/bioconda/tracy/badges/downloads.svg)](https://anaconda.org/bioconda/tracy)
[![C/C++ CI](https://github.com/gear-genomics/tracy/workflows/C/C++%20CI/badge.svg)](https://github.com/gear-genomics/tracy/actions)
[![Docker CI](https://github.com/gear-genomics/tracy/workflows/Docker%20CI/badge.svg)](https://hub.docker.com/r/geargenomics/tracy/)
[![GitHub license](https://img.shields.io/badge/License-BSD%203--Clause-blue.svg)](https://github.com/gear-genomics/tracy/blob/main/LICENSE)
[![GitHub Releases](https://img.shields.io/github/release/gear-genomics/tracy.svg)](https://github.com/gear-genomics/tracy/releases)

## Tracy: basecalling, alignment, assembly and deconvolution of Sanger Chromatogram trace files

Tracy is available as a [Bioconda package](https://anaconda.org/bioconda/tracy), a [Homebrew formula](https://formulae.brew.sh/formula/tracy-genomics), a [Singularity container](https://github.com/gear-genomics/tracy/releases) or as a minimal [Docker container](https://hub.docker.com/r/geargenomics/tracy/).

[Source Code](https://github.com/gear-genomics/tracy/)

[Web Applications](https://www.gear-genomics.com)

[Documentation](https://www.gear-genomics.com/docs/tracy/)

## Citation

Rausch, T., Fritz, M.H., Untergasser, A. and Benes, V.         
Tracy: basecalling, alignment, assembly and deconvolution of sanger chromatogram trace files.             
BMC Genomics 21, 230 (2020).             
[https://doi.org/10.1186/s12864-020-6635-8](https://doi.org/10.1186/s12864-020-6635-8)

## License

The BSD 3-Clause license. Consult the accompanying [LICENSE](https://github.com/gear-genomics/tracy/blob/main/LICENSE) file for more details.

## Credits

[HTSlib](https://github.com/samtools/htslib) for all genomic alignment and variant processing. [Boost](https://www.boost.org/) and [SDSL](https://github.com/xxsds/sdsl-lite) for various data structures and algorithms. [Claude](https://claude.com/) for bug fixes, performance improvements, and code suggestions.