getcontacts
Library for computing dynamic non-covalent contact networks in proteins throughout MD Simulation
파일 탐색기
최종 버전 다운로드 (.zip)- contact_dendrogram.py
- contact_network_analysis.py
- contact_network_pymol_viz.py
- get_contact_embedding.py
- get_fingerprint_clusters.py
- get_rescontacts.py
- pymol_frequencies.py
- __init__.py
- test_atom.py
- test_contact_utils.py
- test_transformations.py
- __init__.py
- argparsers.py
- aromatics.py
- atom.py
- compute_contacts.py
- contact_utils.py
- flare.py
- hbonds.py
- hydrophobics.py
- pi_cation.py
- salt_bridges.py
- transformations.py
- vanderwaals.py
- .gitignore
- generate_1crn_contacts.sh
- .gitignore
- 5xnd_topology.pdb
- 5xnd_trajectory.dcd
- generate_5xnd_contacts.sh
- generate_5xnd_traces.sh
- .gitignore
- cypa_topology.pdb
- cypa_trajectory.dcd
- .gitignore
- dhfr_4m6l_labels.tsv
- dhfr_4m6l_top.psf
- dhfr_4m6l_trj.dcd
- dhfr_8dfr_labels.tsv
- dhfr_8dfr_top.psf
- dhfr_8dfr_trj.dcd
- generate_dhfr_comparison.sh
- 6cvo.pdb
- generate_contacts.sh
- show_interactions_pymol.py
- README.md
- 5xnd_01.pdb
- 5xnd_02.pdb
- 5xnd_03.pdb
- 5xnd_04.pdb
- 5xnd_topology.pdb
- 5xnd_trajectory.dcd
- 5Y0T_h.pdb
- __init__.py
- test_5xnd_expected.tsv
- test_5y0t_interface_expected.tsv
- test_contact_fingerprints.py
- test_contact_flare.py
- test_contact_ticc.py
- test_get_dynamic_contacts.py
- test_get_static_contacts.py
- .gitignore
- .travis.yml
- get_contact_bridges.py
- get_contact_fingerprints.py
- get_contact_flare.py
- get_contact_frequencies.py
- get_contact_singleframe.py
- get_contact_ticc.py
- get_contact_trace.py
- get_dynamic_contacts.py
- get_resilabels.py
- get_static_contacts.py
- LICENSE
- README.md
# 설치 가이드
1. 코드 내려받기
git clone https://github.com/getcontacts/getcontacts
깃허브에서 프로젝트 코드 전체를 내 컴퓨터로 내려받습니다.
cd getcontacts
방금 내려받은 프로젝트 폴더 안으로 이동합니다.
2. 공식 설치 스크립트
쉬움 추천사전 준비물
- Homebrew macOS/Linux용 패키지 매니저입니다.
brew install netcdf
Homebrew로 이미 빌드된 패키지를 바로 설치합니다. 소스 빌드가 필요 없습니다.
설치 후 새 터미널을 열고, 프로그램의 버전 확인 명령(예: --version)으로 정상 설치됐는지 확인하세요.
이 레포의 README에 적힌 실제 명령어를 그대로 가져왔습니다.
// repository documentation
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