alphafold

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AlphaFold 2의 오픈 소스 코드.

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Python

파일 탐색기

ZIP 다운로드
  • .dockerignore
  • conftest.py
  • CONTRIBUTING.md
  • LICENSE
  • pyproject.toml
  • README.md
  • requirements.txt
  • run_alphafold.py
  • run_alphafold_test.py

# 설치 가이드

docker
사전 준비물

설치 및 실행 절차

git clone https://github.com/deepmind/alphafold.git

저장소를 클론합니다.

scripts/download_all_data.sh <DOWNLOAD_DIR>

유전적 데이터베이스와 파라미터를 다운로드합니다.

docker build -f docker/Dockerfile -t alphafold .

도커 이미지를 빌드합니다.

pip3 install -r docker/requirements.txt

실행 스크립트 의존성을 설치합니다.

python3 docker/run_docker.py --fasta_paths=your_protein.fasta --max_template_date=2022-01-01 --data_dir=$DOWNLOAD_DIR --output_dir=/home/user/absolute_path_to_the_output_dir

도커 컨테이너를 통해 예측을 실행합니다.

핵심 명령어

scripts/download_all_data.sh /path/to/download_dir

알파폴드 구동에 필요한 전체 데이터베이스와 모델 파라미터를 다운로드합니다.

docker build -f docker/Dockerfile -t alphafold .

Dockerfile을 기반으로 알파폴드 실행용 도커 이미지를 빌드합니다.

pip3 install -r docker/requirements.txt

도커 실행 스크립트(run_docker.py)에 필요한 파이썬 의존성을 설치합니다.

python3 docker/run_docker.py --fasta_paths=protein.fasta --max_template_date=2022-01-01 --data_dir=/data --output_dir=/output

단백질 서열(FASTA)을 입력받아 도커 환경에서 알파폴드 추론을 수행합니다.

데이터베이스 다운로드 경로(<DOWNLOAD_DIR>)는 알파폴드 레포지토리 내부가 아닌 별도의 대용량 디스크(SSD 권장)를 지정해야 합니다.

# CDN으로 사용하기

jsDelivr

jsDelivr는 공개 GitHub 리포지토리를 별도 설정 없이 CDN으로 즉시 서빙합니다. 버전과 파일을 고르면 웹페이지에 바로 붙일 수 있는 링크와 예시 코드가 만들어집니다.

링크
예시

명령어 용어집

이 문서에서 사용된 명령어를 모아봤습니다. 낯선 명령어가 있다면 펼쳐서 확인해보세요.

🔍

aria2

설명 보기 ▼

이 명령은 `aria2c`의 별칭입니다.

tldr aria2c

자세한 내용은 원본 명령을 참고하세요:

🔍

aria2c

설명 보기 ▼

빠른 다운로드 유틸리티.
HTTP(S), FTP, SFTP, BitTorrent 및 Metalink를 지원합니다.
관련 항목: `axel`.
더 많은 정보: <https://aria2.github.io/manual/en/html/aria2c.html>.

aria2c "{{url}}"

특정 URI를 파일로 다운로드:

aria2c {{[-o|--out]}} {{path/to/file}} "{{url}}"

특정 출력 이름을 가진 URI에서 파일을 다운로드:

aria2c {{[-Z|--force-sequential=true]}} {{"url1" "url2" ...}}

여러 개의 서로 다른 파일을 병렬로 다운로드:

🔍

docker build

설명 보기 ▼

Build an image from a Dockerfile.

docker build .

Build a Docker image using the Dockerfile in the current directory:

docker build {{github.com/creack/docker-firefox}}

Build a Docker image from a Dockerfile at a specified URL:

docker build {{[-t|--tag]}} {{name:tag}} .

Build a Docker image and tag it:

🔍

docker run

설명 보기 ▼

This command is an alias of `docker container run`.

tldr docker container run

View documentation for the original command:

🔍

git clone

설명 보기 ▼

Clone an existing repository.

git clone {{remote_repository_location}} {{path/to/directory}}

Clone an existing repository into a new directory (the default directory is the repository name):

git clone --recursive {{remote_repository_location}}

Clone an existing repository and its submodules:

git clone {{[-n|--no-checkout]}} {{remote_repository_location}}

Clone only the `.git` directory of an existing repository:

🔍

pickle

설명 보기 ▼

Composer 기반의 PHP 확장 프로그램 설치 도구.
더 많은 정보: <https://github.com/FriendsOfPHP/pickle#usage>.

pickle install {{extension_name}}

특정 PHP 확장 프로그램 설치:

pickle convert {{path/to/directory}}

기존 PECL 확장 구성 파일을 Pickle 구성 파일로 변환:

pickle validate {{path/to/directory}}

PECL 확장 유효성 검사:

🔍

pip3

설명 보기 ▼

이 명령은 `pip`의 별칭입니다.

tldr pip

자세한 내용은 원본 명령을 참고하세요:

🔍

python3

설명 보기 ▼

이 명령은 `python`의 별칭입니다.

tldr python

자세한 내용은 원본 명령을 참고하세요:

🔍

rsync

설명 보기 ▼

기본적으로 SSH를 사용하여 원격 호스트 간에 파일을 전송합니다(두 원격 호스트 사이는 아닙니다).
원격 경로를 지정하려면, `호스트:경로/대상/파일_또는_폴더`를 사용하세요.
더 많은 정보: <https://download.samba.org/pub/rsync/rsync.1>.

rsync {{path/to/source}} {{path/to/destination}}

파일 전송:

rsync {{[-a|--archive]}} {{path/to/source}} {{path/to/destination}}

아카이브 모드 (디렉토리를 반복적으로 복사하고, 권한, 소유권, 수정 시간을 확인 및 보존하지 않고 심볼릭 링크를 복사) 사용:

rsync {{[-zvhP|--compress --verbose --human-readable --partial --progress]}} {{path/to/source}} {{path/to/destination}}

데이터가 대상으로 전송될 때 압축하고, 사람이 읽을 수 있는 자세한 진행 상황을 표시하고, 중단된 경우 부분적으로 전송된 파일 유지:

🔍

serve

설명 보기 ▼

정적 파일 제공 및 디렉토리 목록화 도구.
더 많은 정보: <https://github.com/vercel/serve>.

serve

기본 포트에서 현재 디렉토리를 제공하는 HTTP 서버 시작:

serve -p {{port}} {{path/to/directory}}

특정 [p]포트에서 특정 디렉토리를 제공하는 HTTP 서버 시작:

serve {{[-C|--cors]}}

모든 응답에 `Access-Control-Allow-Origin: *` 헤더를 포함하여 CORS가 활성화된 HTTP 서버 시작:

🔍

apt install

설명 보기 ▼

Install packages for Debian-based distributions.

sudo apt install {{package}}

Install a package, or update it to the latest version:

sudo apt install {{[-V|--verbose-versions]}} {{package}}

Display verbose package version information during installation or update:

// repository documentation