corncob
Count Regression for Correlated Observations with the Beta-binomial
파일 탐색기
최종 버전 다운로드 (.zip)- pkgdown.yaml
- R-CMD-check.yaml
- test-coverage.yaml
- .gitignore
- ibd_phylo_otu.rda
- ibd_phylo_sample.rda
- ibd_phylo_taxa.rda
- soil_phylo_otu.rda
- soil_phylo_sample.rda
- soil_phylo_taxa.rda
- soil_phylum_contrasts_otu.rda
- soil_phylum_contrasts_sample.rda
- soil_phylum_small_otu.rda
- soil_phylum_small_otu1.rda
- soil_phylum_small_sample.rda
- logo.png
- bbdml.Rd
- checkNested.Rd
- clean_taxa_names.Rd
- clean_taxa_names_se.Rd
- contrastsTest.Rd
- convert_phylo.Rd
- convert_sumexp.Rd
- corncob-package.Rd
- coth.Rd
- dbetabin.Rd
- dbetabin_neg.Rd
- dbetabinom_cts.Rd
- differentialTest.Rd
- doBoot.Rd
- fishZ.Rd
- genInits.Rd
- getRestrictionTerms.Rd
- gr_full.Rd
- HDIbetabinom.Rd
- hessian.Rd
- ibd_phylo_otu.Rd
- ibd_phylo_sample.Rd
- ibd_phylo_taxa.Rd
- invfishZ.Rd
- invlogit.Rd
- logit.Rd
- lrtest.Rd
- objfun.Rd
- otu_to_taxonomy.Rd
- otu_to_taxonomy_se.Rd
- pbLRT.Rd
- pbRao.Rd
- pbWald.Rd
- pipe.Rd
- plot.bbdml.Rd
- plot.differentialTest.Rd
- print.bbdml.Rd
- print.differentialTest.Rd
- print.summary.bbdml.Rd
- qbetabinom.Rd
- raotest.Rd
- sand_vcov.Rd
- sandSE.Rd
- score.Rd
- simulate.bbdml.Rd
- soil_phylo_otu.Rd
- soil_phylo_sample.Rd
- soil_phylo_taxa.Rd
- soil_phylum_contrasts_otu.Rd
- soil_phylum_contrasts_sample.Rd
- soil_phylum_small_otu.Rd
- soil_phylum_small_otu1.Rd
- soil_phylum_small_sample.Rd
- summary.bbdml.Rd
- waldchisq.Rd
- waldchisq_test.Rd
- waldt.Rd
- warn_phyloseq.Rd
- warn_sumexp.Rd
- apple-touch-icon-120x120.png
- apple-touch-icon-152x152.png
- apple-touch-icon-180x180.png
- apple-touch-icon-60x60.png
- apple-touch-icon-76x76.png
- apple-touch-icon.png
- favicon-16x16.png
- favicon-32x32.png
- favicon.ico
- bbdml.R
- checkNested.R
- clean_taxa_names.R
- contrastsTest.R
- convert_phylo.R
- convert_sumexp.R
- corncob.R
- dbetabin.R
- dbetabinom_ee.R
- differentialTest.R
- doBoot.R
- genInits.R
- getRestrictionTerms.R
- gr_full.R
- HDIbetabinom.R
- hessian.R
- ibd_phylo_otu.R
- ibd_phylo_sample.R
- ibd_phylo_taxa.R
- links.R
- lrtest.R
- objfun.R
- otu_to_taxonomy.R
- pbLRT.R
- pbRao.R
- pbWald.R
- plot_bbdml.R
- plot_differentialTest.R
- print_bbdml.R
- print_differentialTest.R
- print_summary_bbdml.R
- qbetabinom.R
- rao.R
- sandSE.R
- score.R
- separation.R
- simulate.R
- soil_phylo_otu.R
- soil_phylo_sample.R
- soil_phylo_taxa.R
- soil_phylum_contrasts_otu.R
- soil_phylum_contrasts_sample.R
- soil_phylum_small_otu.R
- soil_phylum_small_otu1.R
- soil_phylum_small_sample.R
- summary_bbdml.R
- utils-pipe.R
- wald.R
- warn_phyloseq.R
- test_bbdml.R
- test_contrastsTest.R
- test_differentialTest.R
- test_genInits.R
- test_getRestrictionTerms.R
- test_links.R
- test_lrtest.R
- test_noninteger.R
- test_objfun.R
- test_pb.R
- test_qbetabinom.R
- test_raotest.R
- test_s3.R
- test_scorehessian.R
- test_separation.R
- test_simulate.R
- test_std_errors.R
- test_testsRequiringPhyloseq.R
- test_testsRequiringSE.R
- test_waldtest.R
- testthat.R
- corncob-intro-no-phyloseq.Rmd
- corncob-intro.Rmd
- .gitignore
- .Rbuildignore
- _pkgdown.yml
- corncob.Rproj
- cran-comments.md
- CRAN-SUBMISSION
- DESCRIPTION
- Dockerfile
- NAMESPACE
- README.md
# 설치 가이드
1. 코드 내려받기
git clone https://github.com/statdivlab/corncob
깃허브에서 프로젝트 코드 전체를 내 컴퓨터로 내려받습니다.
cd corncob
방금 내려받은 프로젝트 폴더 안으로 이동합니다.
2. Docker
쉬움 추천사전 준비물
- Git GitHub에서 프로젝트 코드를 내려받으려면 필요합니다.
- Docker Desktop 컨테이너를 빌드하고 실행하려면 필요합니다. 설치 후 실행해서 백그라운드에 켜두세요.
Instead of installing corncob to your local system, you can use corncob via the pre-compiled Docker image: `quay.io/fhcrc-microbiome/corncob`.
이 명령어를 터미널에 그대로 입력해 실행하세요.
터미널에 docker compose ps 를 입력해 컨테이너들이 Up 상태인지 확인하세요. README에 포트 번호가 적혀있다면 브라우저에서 http://localhost:포트번호 로 접속해보세요.
이 레포의 README에 적힌 실제 명령어를 그대로 가져왔습니다.
// repository documentation
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