EvoBind
In silico directed evolution of peptide binders with AlphaFold
파일 탐색기
최종 버전 다운로드 (.zip)- features.pkl
- 1ssc.fasta
- 1ssc_metrics_1_10.csv
- 1ssc_receptor_feats.pkl
- afm_evo_metrics.csv
- obsolete.txt
- 1ssc_CM.npy
- 1ssc_receptor.a3m
- 1ssc_receptor.fasta
- 1ssc_receptor_CA.npy
- 1ssc_receptor_target_residues.npy
- 2rbg.pdb
- __init__.py
- confidence.py
- protein.py
- protein_test.py
- residue_constants.py
- residue_constants_test.py
- __init__.py
- hhblits.py
- hhsearch.py
- hmmbuild.py
- hmmsearch.py
- jackhmmer.py
- kalign.py
- utils.py
- __init__.py
- foldonly.py
- mmcif_parsing.py
- msaonly.py
- parsers.py
- pipeline.py
- templates.py
- __init__.py
- data_transforms.py
- input_pipeline.py
- protein_features.py
- protein_features_test.py
- proteins_dataset.py
- shape_helpers.py
- shape_helpers_test.py
- shape_placeholders.py
- utils.py
- __init__.py
- all_atom.py
- all_atom_test.py
- common_modules.py
- config.py
- data.py
- features.py
- folding.py
- layer_stack.py
- layer_stack_test.py
- lddt.py
- lddt_test.py
- mapping.py
- model.py
- modules.py
- prng.py
- prng_test.py
- quat_affine.py
- quat_affine_test.py
- r3.py
- utils.py
- model_output.pdb
- multiple_disulfides_target.pdb
- with_violations.pdb
- with_violations_casp14.pdb
- __init__.py
- amber_minimize.py
- amber_minimize_test.py
- cleanup.py
- cleanup_test.py
- relax.py
- relax_test.py
- utils.py
- utils_test.py
- Dockerfile
- openmm.patch
- requirements.txt
- run_docker.py
- AlphaFold.ipynb
- download_all_data.sh
- download_alphafold_params.sh
- download_bfd.sh
- download_mgnify.sh
- download_pdb70.sh
- download_pdb_mmcif.sh
- download_small_bfd.sh
- download_uniclust30.sh
- download_uniref90.sh
- CONTRIBUTING.md
- LICENSE
- README.md
- requirements.txt
- run_alphafold_colab.py
- 2rbg.pdb
- __init__.py
- confidence.py
- protein.py
- protein_test.py
- residue_constants.py
- residue_constants_test.py
- __init__.cpython-312.pyc
- hhblits.cpython-312.pyc
- hhsearch.cpython-312.pyc
- hmmbuild.cpython-312.pyc
- hmmsearch.cpython-312.pyc
- jackhmmer.cpython-312.pyc
- kalign.cpython-312.pyc
- utils.cpython-312.pyc
- __init__.py
- hhblits.py
- hhsearch.py
- hmmbuild.py
- hmmsearch.py
- jackhmmer.py
- kalign.py
- utils.py
- __init__.py
- feature_processing.py
- foldonly.py
- mmcif_parsing.py
- msa_identifiers.py
- msa_pairing.py
- parsers.py
- pipeline.py
- pipeline_multimer.py
- templates.py
- __init__.py
- rigid_matrix_vector.py
- rotation_matrix.py
- struct_of_array.py
- test_utils.py
- utils.py
- vector.py
- __init__.py
- data_transforms.py
- input_pipeline.py
- protein_features.py
- protein_features_test.py
- proteins_dataset.py
- shape_helpers.py
- shape_helpers_test.py
- shape_placeholders.py
- utils.py
- __init__.py
- all_atom.py
- all_atom_multimer.py
- all_atom_test.py
- common_modules.py
- config.py
- data.py
- features.py
- folding.py
- folding_multimer.py
- layer_stack.py
- layer_stack_test.py
- lddt.py
- lddt_test.py
- mapping.py
- model.py
- modules.py
- modules_multimer.py
- prng.py
- prng_test.py
- quat_affine.py
- quat_affine_test.py
- r3.py
- utils.py
- __init__.py
- notebook_utils.py
- notebook_utils_test.py
- model_output.pdb
- multiple_disulfides_target.pdb
- with_violations.pdb
- with_violations_casp14.pdb
- __init__.py
- amber_minimize.py
- amber_minimize_test.py
- cleanup.py
- cleanup_test.py
- relax.py
- relax_test.py
- utils.py
- utils_test.py
- __init__.py
- afm_evo_loss_calc.py
- gen_AFM_feats.sh
- LICENSE
- predict_AFM.sh
- README.md
- run_AFM.py
- run_alphafold_msa_template_only.py
- score_afm_evo.sh
- check_msa_colab.py
- mc_design.py
- mc_design_colab.py
- mutate_sequence.py
- prepare_input_colab.py
- .gitignore
- cyclic.gif
- design_local.sh
- EB_logo.png
- environment.yml
- EvoBind.ipynb
- EvoBind.png
- linear.gif
- README.md
- setup.sh
# 설치 가이드
1. 코드 내려받기
git clone https://github.com/patrickbryant1/EvoBind
깃허브에서 프로젝트 코드 전체를 내 컴퓨터로 내려받습니다.
cd EvoBind
방금 내려받은 프로젝트 폴더 안으로 이동합니다.
2. Docker
쉬움 추천사전 준비물
- Git GitHub에서 프로젝트 코드를 내려받으려면 필요합니다.
- Docker Desktop 컨테이너를 빌드하고 실행하려면 필요합니다. 설치 후 실행해서 백그라운드에 켜두세요.
⚠️ 이 프로젝트는 규모가 큰 저장소라, 이 방법이 실제 핵심 제품이 아니라 내부 하위 패키지를 가리키는 것일 수 있습니다. README 전체를 함께 확인해보세요.
docker build -f src/AF2/docker/Dockerfile -t evobind .
Dockerfile을 기반으로 실행 가능한 이미지를 빌드합니다.
docker run -p 8080:80 evobind
빌드된 이미지를 실제 컨테이너로 실행합니다.
터미널에 docker compose ps 를 입력해 컨테이너들이 Up 상태인지 확인하세요. README에 포트 번호가 적혀있다면 브라우저에서 http://localhost:포트번호 로 접속해보세요.
3. Python
쉬움사전 준비물
⚠️ 이 프로젝트는 규모가 큰 저장소라, 이 방법이 실제 핵심 제품이 아니라 내부 하위 패키지를 가리키는 것일 수 있습니다. README 전체를 함께 확인해보세요.
pip install -r src/AF2/docker/requirements.txt
requirements.txt 등에 명시된 파이썬 라이브러리를 설치합니다.
jupyter notebook
브라우저에서 노트북(.ipynb) 파일들을 열람하고 실행할 수 있는 Jupyter 화면을 켭니다.
에러 메시지 없이 실행되고 터미널에 안내 문구가 출력되면 정상입니다.
// repository documentation
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