odyssey
An interpretable foundation model of the patient clinical timeline: event forecasting, calibrated time-to-event alerts, and concept-level interpretability, benchmarked head-to-head against tuned GBMs, tabular foundation models, and survival baselines on MIMIC-IV, eICU, and GEMINI via the MEDS standard.
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- dependabot.yml
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- architecture.drawio
- architecture.svg
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- __init__.py
- env_fingerprint.py
- joblib_tmp.py
- __init__.py
- .gitignore
- main.pdf
- main.tex
- Makefile
- outline.md
- README.md
- references.bib
- sn-jnl.cls
- sn-nature.bst
- template-sn-article.tex
- template-user-manual.pdf
- writing_guide.md
- .gitkeep
- codes_inventory.json
- env_probe.txt
- extract_dry.json
- extract_dry.md
- extraction_summary.json
- finalize_summary.json
- schema.json
- schema.md
- explore_schema.py
- export_codes.py
- extract_dry.py
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- probe_env.sh
- run.sh
- build_eicu_hicl_lookup.py
- build_mimic_note_sidecar.py
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- eval_run.sh
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- meds_tab_shared_landmark.py
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- probe_bottleneck_signal.py
- rescore_extra_baselines.py
- eICU.yaml
- GEMINI.md
- __init__.py
- test_config.py
- test_db.py
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- test_aki_kdigo.py
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- test_concepts.py
- test_degrade.py
- test_history_recap.py
- test_meds_validation.py
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- test_sepsis3_tasks.py
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- test_counterfactual.py
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- test_meds_tab_baseline.py
- test_model_comparison.py
- test_rollouts.py
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- test_time_head_probe.py
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- __init__.py
- test_base.py
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- test_hybrid_merge_attention.py
- test_mamba2_patch_gpu.py
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- test_bottleneck_variants.py
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- test_forecast_objective.py
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- test_streaming_training.py
- test_time_to_event.py
- test_transformer_packed_integration.py
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- test_value_head.py
- __init__.py
- test_concept_bottleneck_report.py
- test_findings.py
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- __init__.py
- test_text_modality.py
- __init__.py
- test_data.py
- test_metrics.py
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- test_shard_stream.py
- test_train.py
- test_train_gpu.py
- test_train_transformer.py
- __init__.py
- test_env_fingerprint.py
- __init__.py
- __init__.py
- test_explore_schema.py
- test_export_codes.py
- test_extract_dry.py
- test_extract_meds.py
- test_finalize_meds.py
- __init__.py
- test_build_eicu_hicl_lookup.py
- test_eval_run_script.py
- test_missingness_sweep.py
- __init__.py
- .env.example
- .gitignore
- .pre-commit-config.yaml
- .python-version
- _typos.toml
- CODE_OF_CONDUCT.md
- codecov.yml
- CONTRIBUTING.md
- LICENSE.md
- pyproject.toml
- README.md
- uv.lock
# 설치 가이드
1. 코드 내려받기
git clone https://github.com/VectorInstitute/odyssey
깃허브에서 프로젝트 코드 전체를 내 컴퓨터로 내려받습니다.
cd odyssey
방금 내려받은 프로젝트 폴더 안으로 이동합니다.
2. Python
쉬움 추천사전 준비물
pip install .
PyPI에 배포된 패키지를 바로 설치합니다. 소스 클론이 필요 없습니다.
python <실행할 파일명>.py # README에서 정확한 실행 파일명을 확인하세요
파이썬 스크립트(또는 모듈)를 실행합니다.
에러 메시지 없이 실행되고 터미널에 안내 문구가 출력되면 정상입니다.
3. Make
보통사전 준비물
- Git GitHub에서 프로젝트 코드를 내려받으려면 필요합니다.
- Make Linux/macOS는 보통 기본 설치되어 있습니다. Windows는 별도 설치(예: MSYS2, WSL)가 필요합니다.
cd paper
이 프로젝트의 관련 파일이 하위 폴더 안에 있어서, 먼저 그 폴더로 이동합니다.
make
생성된 빌드 설정을 바탕으로 실제 컴파일을 진행해 실행 파일을 만듭니다.
에러 없이 끝나면 성공입니다. 생성된 실행 파일을 직접 실행해보세요.
// repository documentation
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