cellbase

(★ 95)

High-Performance NoSQL database and RESTful web services to access to most relevant biological data. Found a bug or have an idea for a new feature? Let us know at https://zettagenomics.com/academic/

파일 탐색기

최종 버전 다운로드 (.zip)
  • .gitbook.yaml
  • .gitignore
  • checkstyle.xml
  • checkstyle_header.txt
  • environment.yml
  • Jenkinsfile
  • LICENSE
  • pom.xml

# 설치 가이드

1. 코드 내려받기
git clone https://github.com/opencb/cellbase

깃허브에서 프로젝트 코드 전체를 내 컴퓨터로 내려받습니다.

cd cellbase

방금 내려받은 프로젝트 폴더 안으로 이동합니다.

2. Docker

쉬움 추천
사전 준비물
  • Git GitHub에서 프로젝트 코드를 내려받으려면 필요합니다.
  • Docker Desktop 컨테이너를 빌드하고 실행하려면 필요합니다. 설치 후 실행해서 백그라운드에 켜두세요.
⚠️ 이 프로젝트는 규모가 큰 저장소라, 이 방법이 실제 핵심 제품이 아니라 내부 하위 패키지를 가리키는 것일 수 있습니다. README 전체를 함께 확인해보세요.
docker build -f cellbase-app/app/cloud/docker/cellbase-base/Dockerfile -t cellbase .

Dockerfile을 기반으로 실행 가능한 이미지를 빌드합니다.

docker run -p 8080:80 cellbase

빌드된 이미지를 실제 컨테이너로 실행합니다.

✅ 터미널에 docker compose ps 를 입력해 컨테이너들이 Up 상태인지 확인하세요. README에 포트 번호가 적혀있다면 브라우저에서 http://localhost:포트번호 로 접속해보세요.

3. Maven (Java)

보통
사전 준비물
  • Git GitHub에서 프로젝트 코드를 내려받으려면 필요합니다.
  • JDK (Java) Java 프로젝트를 빌드/실행하려면 필요합니다.
  • Maven mvn 명령어를 쓰기 위한 빌드 도구입니다.
cd cellbase-app

이 프로젝트의 관련 파일이 하위 폴더 안에 있어서, 먼저 그 폴더로 이동합니다.

mvn clean install

Maven으로 의존성 설치와 빌드를 진행합니다.

✅ BUILD SUCCESS 메시지가 뜨면 성공입니다. target/ 폴더에 결과물이 생성됩니다.

4. Python

쉬움
사전 준비물
  • Git GitHub에서 프로젝트 코드를 내려받으려면 필요합니다.
  • Python 3 설치 시 'Add Python to PATH' 옵션을 꼭 체크하세요 (Windows).
⚠️ 이 프로젝트는 규모가 큰 저장소라, 이 방법이 실제 핵심 제품이 아니라 내부 하위 패키지를 가리키는 것일 수 있습니다. README 전체를 함께 확인해보세요.
pip install -r cellbase-client/src/main/python/requirements.txt

requirements.txt 등에 명시된 파이썬 라이브러리를 설치합니다.

jupyter notebook

브라우저에서 노트북(.ipynb) 파일들을 열람하고 실행할 수 있는 Jupyter 화면을 켭니다.

✅ 에러 메시지 없이 실행되고 터미널에 안내 문구가 출력되면 정상입니다.

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