alphafold3

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AlphaFold 3 추론 파이프라인.

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Python

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ZIP 다운로드
  • CMakeLists.txt
  • CONTRIBUTING.md
  • fetch_databases.sh
  • LICENSE
  • OUTPUT_TERMS_OF_USE.md
  • pyproject.toml
  • README.md
  • run_alphafold.py
  • run_alphafold_data_test.py
  • run_alphafold_test.py
  • uv.lock
  • WEIGHTS_PROHIBITED_USE_POLICY.md
  • WEIGHTS_TERMS_OF_USE.md

# 설치 가이드

docker
사전 준비물

설치 및 실행 절차

docker build -f docker/Dockerfile -t alphafold3 .

AlphaFold 3 도커 이미지를 빌드합니다.

docker run -it --volume $HOME/af_input:/root/af_input --volume $HOME/af_output:/root/af_output --volume <MODEL_PARAMETERS_DIR>:/root/models --volume <DATABASES_DIR>:/root/public_databases --gpus all alphafold3 python run_alphafold.py --json_path=/root/af_input/fold_input.json --model_dir=/root/models --output_dir=/root/af_output

도커 컨테이너를 실행하여 예측을 수행합니다.

핵심 명령어

python run_alphafold.py --json_path=/root/af_input/fold_input.json --model_dir=/root/models --output_dir=/root/af_output

AlphaFold 3 추론 파이프라인을 실행합니다.

모델 파라미터 및 공공 데이터베이스 디렉토리를 도커 실행 시 볼륨으로 마운트해야 합니다.

# CDN으로 사용하기

jsDelivr

jsDelivr는 공개 GitHub 리포지토리를 별도 설정 없이 CDN으로 즉시 서빙합니다. 버전과 파일을 고르면 웹페이지에 바로 붙일 수 있는 링크와 예시 코드가 만들어집니다.

링크
예시

명령어 용어집

이 문서에서 사용된 명령어를 모아봤습니다. 낯선 명령어가 있다면 펼쳐서 확인해보세요.

🔍

docker run

설명 보기 ▼

This command is an alias of `docker container run`.

tldr docker container run

View documentation for the original command:

🔍

python

설명 보기 ▼

Python 언어 인터프리터.
더 많은 정보: <https://docs.python.org/using/cmdline.html>.

python

REPL(대화형 셸) 시작:

python {{path/to/file.py}}

특정 Python 파일 실행:

python -i {{path/to/file.py}}

특정 Python 파일 실행 후 REPL 시작:

// repository documentation