Tangram
Spatial alignment of single cell transcriptomic data.
파일 탐색기
최종 버전 다운로드 (.zip)- release.yml
- test_workflow.yml
- __init__.py
- cell_sampling.py
- test_ad_sc.h5ad
- test_ad_sp.h5ad
- test_df.csv
- custom.css
- tangram.png
- tangram_loss.gif
- tangram_overview.png
- base.rst
- class.rst
- module.rst
- tangram.mapping_optimizer.Mapper.rst
- tangram.mapping_optimizer.Mapper.train.rst
- tangram.mapping_optimizer.MapperConstrained.rst
- tangram.mapping_optimizer.MapperConstrained.train.rst
- tangram.mapping_optimizer.rst
- tangram.mapping_utils.adata_to_cluster_expression.rst
- tangram.mapping_utils.map_cells_to_space.rst
- tangram.mapping_utils.pp_adatas.rst
- tangram.mapping_utils.rst
- tangram.plot_utils.construct_obs_plot.rst
- tangram.plot_utils.convert_adata_array.rst
- tangram.plot_utils.ordered_predictions.rst
- tangram.plot_utils.plot_annotation_entropy.rst
- tangram.plot_utils.plot_auc.rst
- tangram.plot_utils.plot_cell_annotation.rst
- tangram.plot_utils.plot_cell_annotation_sc.rst
- tangram.plot_utils.plot_gene_sparsity.rst
- tangram.plot_utils.plot_genes.rst
- tangram.plot_utils.plot_genes_sc.rst
- tangram.plot_utils.plot_test_scores.rst
- tangram.plot_utils.plot_training_scores.rst
- tangram.plot_utils.q_value.rst
- tangram.plot_utils.quick_plot_gene.rst
- tangram.plot_utils.rst
- tangram.utils.annotate_gene_sparsity.rst
- tangram.utils.compare_spatial_geneexp.rst
- tangram.utils.count_cell_annotations.rst
- tangram.utils.create_segment_cell_df.rst
- tangram.utils.cross_val.rst
- tangram.utils.cv_data_gen.rst
- tangram.utils.deconvolve_cell_annotations.rst
- tangram.utils.df_to_cell_types.rst
- tangram.utils.eval_metric.rst
- tangram.utils.get_matched_genes.rst
- tangram.utils.one_hot_encoding.rst
- tangram.utils.project_cell_annotations.rst
- tangram.utils.project_genes.rst
- tangram.utils.read_pickle.rst
- tangram.utils.rst
- tangram.utils.transfer_annotations_prob.rst
- tangram.utils.transfer_annotations_prob_filter.rst
- _contributors.rst
- cite.rst
- classes.rst
- conf.py
- getting_started.rst
- index.rst
- news.rst
- questions.rst
- release_notes.rst
- tutorial_link.nblink
- tutorial_sq_link.nblink
- tutorials.rst
- working.rst
- make.bat
- Makefile
- requirements.txt
- TANGRAM logo screen _ RGB greyscale LARGE.jpg
- TANGRAM logo screen _ RGB greyscale MEDIUM.jpg
- TANGRAM logo screen _ RGB greyscale SMALL.jpg
- TANGRAM logo screen _ RGB greyscale.pdf
- TANGRAM logo screen _ RGB greyscale.png
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- TANGRAM logo screen _ RGB white.png
- TANGRAM logo screen _ RGB colour LARGE.jpg
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- TANGRAM logo screen _ RGB colour.pdf
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- how_tangram_works.png
- tangram_large.png
- tangram_loss.gif
- tangram_overview.png
- __init__.py
- celltype_specific_genes.py
- highly_variable_genes.py
- spapros_genes.py
- spatially_variable_genes.py
- __init__.py
- _version.py
- mapping_optimizer.py
- mapping_parameter_tuning.py
- mapping_utils.py
- plot_utils.py
- spatial_weights.py
- utils.py
- tangram_test.py
- .gitignore
- environment.yml
- LICENSE.md
- README.md
- setup.py
- tutorial_tangram_with_squidpy.ipynb
- tutorial_tangram_without_squidpy.ipynb
# 설치 가이드
1. 코드 내려받기
git clone https://github.com/broadinstitute/Tangram
깃허브에서 프로젝트 코드 전체를 내 컴퓨터로 내려받습니다.
cd Tangram
방금 내려받은 프로젝트 폴더 안으로 이동합니다.
2. 공식 설치 스크립트
쉬움 추천사전 준비물
- Python 3 pip 명령어를 쓰려면 Python이 필요합니다.
pip install tangram-sc
PyPI에 배포된 패키지를 바로 설치합니다. 소스 클론이 필요 없습니다.
설치 후 새 터미널을 열고, 프로그램의 버전 확인 명령(예: --version)으로 정상 설치됐는지 확인하세요.
이 레포의 README에 적힌 실제 명령어를 그대로 가져왔습니다.
// repository documentation
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